A、发藻、念珠藻属于原核生物；香菇是真菌，属于真核生物，A错误；B、烟草是植物、草履虫是原生动物，都属于真核生物；大肠杆菌是细菌，属于原核生物，B错误；C、小麦、番茄和大豆是高等植物，都属于真核生物，C正确；D、酵母菌是真菌，属于真核生物；乳酸菌是细菌，属于原核生物；流感病毒是非细胞生物，D错误．故选：C．
