A、一杯水结成冰，状态发生变化，但质量与状态无关，所以不变．不符合题意；B、一个铜块被压成铜片，形状发生变化，但质量与形状无关，所以不变．不符合题意；C、一瓶矿泉水随飞船在太空中飞行，位置不断变化，但质量与位置无关，所以不变．不符合题意；D、粗糙的铝锭被磨成光滑的圆柱形，打磨过程中有铝屑脱落，物质总量减小，所以质量变小．符合题意．故选D．
