我们说，细胞是由细胞核、细胞质（细胞器包含于其中）、细胞膜（植物细胞在细胞膜外还有一层细胞壁）等结构构成的。而这些结构又是由许许多多化学物质所构成的。例如，细胞膜是由磷脂，蛋白质，多糖等物质构成。（如果你是初中生请不要以化学观点辨析我的回答中的“构成”一词用的是否贴切）那么，这些化学物质显而易见是由化学元素所组成的。所以，那本书上说的没有什么问题。
你的观点没有错，核电荷数确实是等于质子数也等于核外电子数，但官方定义的元素概念如下，具有一定核电荷数（等于核内质子数）的原子成为一种（化学）元素。只是也许你看的是生物方面的书籍，他们不会像化学专业书籍一样过分在意这些化学细节。
在这之后，你犯了一个逻辑错误。并不是说细胞又构成分子，而是原子（元素）构成了分子（诸如我们前面提及的磷脂、蛋白质等），分子再构成细胞中的那些结构，这些结构最终构成了细胞。
你肯问问题，能问出这样的问题很好，但是希望你以后在学习中注意，不要对什么事情都操之过急，细心理清思路，好多问题可以自己提出，自己解决。
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