人们是怎么发现一个物质由哪些分子构成，分子又是哪些原子构成

最早提出原子论的古希腊哲学家德谟克利特应该是猜的。
近代分子原子论的提出者道尔顿也是猜的。不过这个猜就有一些依据了。那就是，化学反应的原料消耗量有固定的比例关系。
例如两升氢气和一升氧气能恰好合成水，但比例偏离的话，不是有剩余的氢气就是有剩余的氧气。原子论能解释这个现象，只要假设水分子里氢氧原子数是二比一即可。
不过虽然原子论后来被接收应该还跟玻儿兹曼等人的统计力学的发展有关。由统计力学推导出的物理定律怎么做实验怎么对，当然会有更多人接受物质是粒子构成的观点。
不过分子原子的实锤还要等到X射线衍射技术以及电子显微镜等各种新的显微技术的发展才能砸下来。X射线衍射实验最终证实了晶体微小的重复单元构成，而某些电子，扫描什么的显微镜能让人直接看到分子原子，自然大家就都相信了。

作者：知乎用户
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常见的分子有（即分子组成的物质） ①所有非金属氢化物 ②大部分非金属单质，如：稀有气体、卤素(X2)、氧气、硫(S8)、氮(N2)、白磷(P4)、C60等(金刚石，和单晶硅等是原子晶体） ③部分非金属氧化物，如：CO2、SO2、SO3、P4O6、P4O10等（如SiO2是原子晶体） ④几乎所有的酸 ⑤绝大多数有机化合物，如：苯、乙酸、乙醇、葡萄糖等 ⑥所有常温下呈气态的物质、常温下呈液态的物质(除汞外)、易挥发的固态物质。对号入座即可，希望对你有帮助。