转基因植物作为新生事物，既有它有利的方面，也有它不利的方面，有人持支持的观点，有人持反对的态度。支持的人认为转基因食物能提高植物的产量，能改善抗虫抗旱抗逆等环境下的生长，具体的比如说抗虫棉就可以让棉花在种植的时候免除年龄虫吃而降低产量的问题了。反对的观点呢，是认为破坏了植物的完整性和野生特点，有可能使得野生种群因为植物花粉的传播而将转基因的信息引入野生植物类群。
