真菌通常又分为三类，即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌），它们归属于不同的亚门。
大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核，大多数属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门。常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。它们既是一类重要的菌类蔬菜，又是食品和制药工业的重要资源
真菌的种类不算多，包括蘑菇、霉菌、酵母菌等。它们不同种类间个体的大小差异很大。绝大多数真菌属于多细胞生物，个体比较大，如蘑菇；而有的真菌则是肉眼无法观察到的单细胞生物，如酵母菌。
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