MFC 由主对话框创建的子对话框始终显示在主对话框前面，而且最小化主对话框，子对话框也会跟着最小化

m_dlgTest.Create(IDD_DIALOG1,GetWindow(NULL));
m_dlgTest.ShowWindow(SW_SHOW);

可能是你创建子窗口的方法有问题吧。
可以先添加一个对话框资源，然后创建一个该对话框资源的类，然后在主对话框类中添加这个子对话框类的一个变量，然后用 Create(), 和ShowWindow 两个函数配合做的窗口不会出现你这样的问题。
现在你改的话很麻烦。可以找到主窗口最小化的消息响应函数在里头加补丁代码了，最小化的时候把要正常显示的子窗口再显示出来。

看了下代码 FindWindow 函数 不管你窗口是显示还是隐藏的，只要窗口存在都会找到。
所以你每次FindWindow都是成功的，所以每次都会执行隐藏窗口。
大概看了下代码没仔细看。

详见附件 demo  要把 非模态子窗口  的 父窗口设置 桌面

void CMfcdlg2014Dlg::OnButton1() 

{

// TODO: Add your control notification handler code here

if(!pSubDlg)

{

pSubDlg = new CSubDlg();// 非模态

pSubDlg->Create(IDD_DIALOG1, GetDesktopWindow());创建子窗口的时候传入桌面的窗口指针

}

pSubDlg->ShowWindow(SW_SHOW);// 显示 + 

pSubDlg->SetFocus();// 得到焦点

}