在历史上，我国现存最早的本草著作《神农本草经》，是按药物毒性和用药目的的不同分为上、中、下三品；《本草经集注》按药物自然属性分为玉石、草、木、果菜、米食、有名未用等 6 类，每类又分为上、中、下三品；《本草纲目》将药物分为水、火、土、石草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等 16 部，又把各部的药物按其生态及性质分为 60 类，如把草部分为山草、芳草、湿草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草等，并把亲缘关系相近的植物排列在一起。
在现代，《中华人民共和国药典》、《中药大辞典》、《中药志》、《中药辞海》等著作均按中文名的笔划顺序，以字典形式编排。这是一种最简单的编排法，便于查阅。但各生药间缺少相互联系，一般教材中不采用此法。 以上各种分类方法在实际应用中可根据不同的目的和要求选择。
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