光镜下可以直接看到细胞壁，细胞核，液泡，叶绿体！线粒体，内质网，细胞骨架需要染色在光镜下才可以看到！其余的需要在电镜下观察！
一般认为光镜下可看到的细胞结构为：细胞壁、细胞核、叶绿体、线粒体、液泡、染色体。其中 线粒体、染色体要染色后观察。
电镜分辨率高于光学显微镜。简要地说，分辨率受到波长的限制，波长越长，分辨率越低（波长可由入=h/p计算得到），而高速电子的波长很短，电镜分辨率可达0.1纳米数量级，而普通光镜只能达到100纳米的数量级。
从这个数量级可知，光镜能看到细胞壁、细胞核、液泡，另外染色体经过染色可以看到。
电镜可以看到细胞的亚显微组织，如线粒体的双层膜结构，还可以看到核糖体。
不同放大倍数的电镜能看到的结构形貌也是不同的，现在最高的放大倍数可达300万倍以上，这个概念相当于可以观察到重金属的原子了。
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