1912年，浙江医学专门学校成立。
1913年，更名为浙江省公立医药专门学校。
1927年8月，更名为浙江省立医药专门学校。 1931年8月，更名为浙江省立医药专科学校。
1939年8月，更名为英士大学医学院。
1943年，重新复名为浙江省立医药专科学校。
1947年6月，更名为浙江省立医学院。 1952年2月，与浙江大学医学院合并，更名为浙江医学院。
1958年8月，从浙江医学院中分离出来，改名为浙江第二医学院。 1958年10月，改名为温州医学院。
1958年，开始招收五年制本科学生，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。
2001年，浙江省温州卫生学校并入。 2013年，更名为温州医科大学。
2015年9月，浙江省人民政府、国家卫生计生委和教育部联合发文，批准温州医科大学成为浙江省人民政府、国家卫生计生委和教育部共建高校。
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