在生态环境治理方面，吉林查干湖国家级自然保护区不断加大对查干湖水域塌岸治理和植被恢复工作力度。由于吉林查干湖国家级自然保护绝大部分水域岸边无护坡措施，加上湖岸全部为土质结构，抗湖水冲刷能力差，多年来已造成严重的水土流失。按照《查干湖自然保护区规划》的总体要求，逐步对塌岸进行全面治理。随着环境质量的逐步改善，查干湖生物多样性不断丰富。2005年，倍受世界鸟类专家关注的世界极危级水鸟黑脸琵鹭在查干湖自然保护区内的云字泡被发现。黑脸琵鹭全身雪白，脸部黑色，比大天鹅略小些，属涉禽类。黑脸琵鹭是中国23种濒危鸟类中被列为世界极危级的五种之一，现全球仅存1000余只。黑脸琵鹭在朝鲜和中国东北部繁殖，大部分在中国东南部及越南越冬。由于黑脸琵鹭是湿地的指示物种，根据《拉姆萨湿地公约》规定，如果一个地区的黑脸琵鹭超过全球数量的1%，就应该纳入国际重要湿地保护区，因此，吉林查干湖国家级自然保护区更显得珍贵。
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