要算法还是程序？要是要算法的话，网上很多，比如动态规划算法、Needleman-Wunsch 算法等，随便一搜都是，还都是中文的，要是要程序做实验的话，MATLAB上有现成的工具箱，以及网上有比对软件，可以直接用。序列比对算法现在已经非常成熟了，很难再有大的改进，可以直接使用现有的东西。
