1、导致不育：生殖器疱疹危害巨大，生殖器疱疹引起其他泌尿系统疾病，可能是导致男性不孕症的重要因素。
2、与其他泌尿系统疾病混合感染：生殖器疱疹常与其他性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、滴虫等混合感染故在诊治中应该加以重视。
3、造成心理障碍：从心理上来说，生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性生活往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
4、引起并发症：生殖器疱疹还可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。部分生殖器疱疹HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV-2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、过敏等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。
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