鸭传染性浆膜炎主要病变是浆膜面上有纤维素性炎性渗出物，以心包膜、肝被膜和气囊壁的炎症为主。病程较长的病例，炎性渗出物机化呈干酪样，形成典型的纤维素性心包炎、肝周炎或气囊炎。
心脏
急性病例心包积液，心包膜有纤维素渗出物附着。慢性病例心包内有纤维素块填充，心包膜与心外膜粘连。病程较久者，纤维素性渗出物机化呈干酪样。
肝脏
肝脏表面覆盖一层灰白色或灰黄色纤维素膜，容易剥脱。肝呈土黄色或红褐色。肝实质较脆，胆囊肿大，有时肝脏也稍肿大。病程较长的病例，肝表面渗出物机化，形成淡黄色的干酪样团块，不易剥脱。
气囊
多数病例的气囊壁上附有纤维素性渗出物。病程较长的病例，渗出物可部分地钙化。
脾脏
脾脏肿大或肿胀不明显，表面附有纤维素性薄膜，有的病例脾脏明显肿大，呈红灰色斑驳状。
腔上囊
体积很小，黏膜上皮变性脱落。
其他
肺间质水肿、纤维素性脑膜炎、输卵管炎、关节炎以及坏死性皮炎。
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