A、草鱼属于鱼类，生活在水中，用鳃进行呼吸，扬子鳄属于爬行动物，是用肺呼吸的，A错误．B、水螅属于腔肠动物，生活在水中，无专门的呼吸器官，金鱼属于鱼类，生活在水中，用鳃进行呼吸，B错误．C、中华鲟属于鱼类生活在水中，用鳃进行呼吸，鲸鱼具有胎生哺乳，生活在水中，属于哺乳动物，用肺呼吸，C错误．D、河蚌属于软体动物，鲫鱼属于鱼类，都生活在水中，用鳃进行呼吸，D正确．故选：D
