A、染色体上DNA中碱基对的替换、缺失、增添属于基因突变，A错误；B、染色体变异可通过光学显微镜观察到，而基因突变属于点突变，在光学显微镜下观察不到，B错误；C、基因重组和染色体数目变异均不会引起基因中碱基序列的改变，C正确；D、秋水仙素诱导多倍体形成的原因是抑制纺锤体的形成，使染色体数目加倍，D错误．故选：C．
