55度的时候有没有primer dimer？温度低的时候PCR的特异性会降低，如果看到更多的primer dimer，说明可能55度的时候primer dimer的扩增更加有效率，跟你的DNA template的扩增竞争
理论上退火温度越低越利于引物和模板结合，但是有时候就是这样的，低的退火做不出来，高的做出来，我也碰到过这样的情况。其实影响PCR扩增的因素远比我们知道的多得多。我的猜测是这样的，可能刚好在这段引物或者模板上有一段容易形成发夹的序列，退火温度低的情况下，就更容易形成发夹，因而扩不出来，退火温度高的时候引物或者模板上的发夹结构被破坏，引物和模板能正常配对，所以可以扩增出来
引物单子上的温度基础上再加3度，屡试不爽。
对 我的经验也是 好几次都是高退火温度做出来的 同意一楼的观点
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