首先确保实验环节没有问题。
接下来需要分析菌液PCR采用什么样的引物？特异性引物还是通用引物？初步怀疑你用的应该是特异性引物，不是通用引物。
实验中多用载体两端的通用引物进行PCR验证，扩增产物碱基数目大于目的片段碱基数目。确定菌液PCR阳性对照（即携带空载体的菌液，为了简便实验，有时候也可以用空载体直接做模板）正确无误，那么检测样品结果中没有条带的话则均为阴性。
提取出来的质粒可能是空载体质粒，你可以做一下酶切实验验证一下，如果酶切位点允许的话最好做一下双酶切，同时加空载体双酶切作对照，这样结果一目了然。
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