佳木斯火车站是1937年日本帝国主义为了侵略中国、掠夺丰富的矿藏资源建立的。车站建成后，大批日军从图门入境，经牡丹江到佳木斯，然后开往各地，三江地区出产的木材、粮食、矿产等从这里被掠夺。
1944年，线路增加到17条。
1945年日本帝国主义投降，广大铁路工人修复了遭到破坏的车站、铁路，恢复了运输生产。
1970年，道岔、信号由机械联锁改为电气集中，在1974年改为机械驼峰。
1986年，已形成8条到发线、11条编组线、9条货物线。
1988年，日均装车88辆、卸车343.1辆。
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