福建医科大学附属协和医院前身是福州基督教协和医院（Willis F. Pierce Memorial Hospital），为创建于1860年的福州圣教医院与创建于1877年的福州马高爱医院合并而成，为八闽现代医学的发祥地。
1951年，医院被福建省人民政府正式接管，更名为福州中国协和医院。
1959年，成为福建医学院附属医院，为福建省培养输送了大量各类医学专业人才，相继走出了福建省医学界各学科的开创者，被誉为“福建医学人才的摇篮”。文革初期，更名为“反帝医院”。
1969年，医院被撤销，大部分人员下放。
1984年，经福建省人民政府批准恢复建制。
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