不直接违法。企业有自主经营权，工资水平确定属于企业自主经营权的一种。只要不低于最低工资水平 就是合法的。对于劳资双方来说，合同里若直接规定了工资水平，且你能胜任工作，现改了计算方式后，若你的收入水平远远降低，可诉讼对方违约要求解除合同并索取违约金。
工资结构由用人单位自行确定，《劳动法》第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
