1、下载并安装Unity3D以及内置的MonoDevelop（安装Unity3D时勾上即可）
2、设置Unity3D。在Unity3D中，选择【Edit】-【Preferences...】，在【External Tools】选项卡中的【External Script Editor】设置为【MonoDevelop (built-in)】
3、在MonoDevelop中，选择【Tools】-【Options...】，在【Unity】-【Debugger】选项卡中的【Editor Location】中设置Unity3D的所在路径，并勾选【Launch Unity Automatically】和【Editor Location】。
4、在Unity3D-Project里右键要调试的代码，在弹出的菜单中选择【Sync MonoDevelop Project】，在MonoDevelop里打开项目代码
PS: 记得是内置的MonoDevelop，MonoDevelop官方下载的版本是没有Unity3D调试插件的。
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