区别如下:
1、三公九卿是由皇帝任免;三省六部官员的升迁任免由吏部掌管。
2、三公九卿可以世袭;三省六部无法世袭。
3、三公九卿是官员人事制度;三省六部是国家行政机构
4、三公九卿制是综合性中央行政体制,行政、军事、监察权力融为一体,帝政、国政混为一谈;三省六部制是集决策、审议、行政为一体的中央行政体制。
5、三公九卿制使专制集权建立并趋向巩固;三省六部制使专制集权步向完善。
参考资料:百度百科-三省六部制
百度百科-三公九卿
楼上貌似错误百出
两个其实都是中央的机构或者说是官员的制度
夏朝设三公九卿,但夏商周时的三公九卿并没有很实际的职权,只是有个大概主管的东西,而其实就是帮王打打下手。那时三公一说是太师、太傅、太保,一说司马、司空、司徒。九卿分别为少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空
秦汉以后三公九卿有了具体的职务,可以算是机构了。那时三公为丞相、太尉、御史大夫。九卿为奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府,分别掌管不同事务,
到了隋朝,为了加强中央集权,那么就不能让丞相掌握太大的权力,就把丞相的权力一分为三,设三省,中书省、尚书省、门下省,中书、门下二省的长官都是丞相头衔,尚书省又下设六部:吏户礼兵刑工,基本代替了以前九卿的职务,分管六个不同方面的事务,各部长官也是丞相头衔,因此从前属于丞相一人的权力被分成8部分,大大加强中央权力,这就是三省六部制
这样应该就很清晰了