由于管理信息系统的建设、管理、运行都是以面向整个组织系统的信息采集、信息分析、信息处理、信息储存、信息使用为直接目的的，所以，对组织结构的调查分析是明确信息源，设计信息处理流程，规定信息使用权限，规划信息存储方案，乃至最终提出正确的管理信息系统解决方案不可或缺的系统建设基础工作。如果没有对组织结构及其运行过程的清晰了解，就无法依据充分的明确和确定涉及信息采集、分析、处理、使用的所有相关问题，也就无从提出正确的管理信息系统解决方案。
企业管理信息系统，是企业管理从整体、系统地运用先进的管理思想和理念，是提高企业管理水平的重要载体和手段。企业管理水平决定于计划、组织、控制、激励等职能。只有组织结构合理，职能明确，才不会发生管理混乱、职能不清、人员职责不能落实。
所以，实施企业管理信息系统，是企业提高管理水平，调整组织结构，管理更上一层楼的大好机会。这样实施管理信息系统，才能结合实际，提高成功的可能，从而提高经济效益。
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