用强酸性阳离子交换树脂分离氨基酸混合物时，氨基酸都是以阳离子的形式，被吸附到树脂的离子交换位上。由于氨基酸是两性化合物，既有酸性，也有碱性，因此氨基酸都有等电点，pH低于等电点时，呈阳离子状态，pH高于等电点时，呈阴离子状态。氨基酸被强酸性离子交换树脂吸附后，都是以阳离子形式存在的，转变为阴离子就会被洗脱。通过逐渐提高洗脱液的pH，利用氨基酸不同的等电点，使不同的氨基酸逐渐从阳离子改变为阴离子，而被洗脱出来，从而达到分离效果。
