除草剂药害的内在原因是破坏了它们的选择性。主要有:
1)形态选择的破坏苯氧羧酸类如2,4-D等或苯甲酸类如百草敌等具激素作用的除草剂用于阔叶作物,由于双子叶植物生长点裸露,接触药剂后会产生药害。2)位差选择的破坏如在稻田使用扑草净之后,一星期内,下田进行其他作业则会破坏药土层,使除草剂接触到水稻根部而使水稻发生药害。3)时差选择的破坏时差逆向选择的一个重要原因是不适时地用药使除草剂与作物敏感期吻合,如百草敌、2,4-D等激素型除草剂,对禾本科来说与其花粉母细胞减数分裂期的吻合是致命性的药害。又如杀草丹、丁草胺与水稻种芽同时相处一个时间,也使水稻秧苗钩芽,反常暗绿进而发黄,这种情况尤其是在低温或渍水下更为严重,其结果是水稻芽苗枯死,减少出苗率,降低秧苗素质。4)生理生化选择的破坏如敌稗采用毒土法用于稻田土壤封闭处理防除稗草,由于水稻根内缺乏足够的酰胺分解酶不能进行有效解毒而使水稻中毒。5)不正确地操作包括所有使用操作技术上的错误(如把灭生性除草剂在敏感作物上使用的同时不采用任何保护措施、用错药和过量用药或是采用不当的施药方法)、喷雾器械的选择不当以及重喷等过失行为所引起的药害。
引起药害的原因较为复杂,主要有以下几个方面:①农药使用技术不当;②环境条件的影响;③施药器械和田间作业不标准;④药剂本身的原因;⑤作物本身的原因。