(1)根的发生:药用的凤丹系列品种可以用种子繁殖,一般播种后当年只长根不发芽,形成主根或少数侧根,第二年根继续发育生长,同时萌发,第三年主根、侧根基本形成,开始加粗生长,同时主根侧根上密生根毛,但是根毛对外界环境敏感,寿命短,给栽培带来一定困难。
牡丹也可采用分株繁殖,分株后第一、二年新根生长慢,数量少,从第三年开始大量生根和加粗生长,4年后根系基本形成,此时又可进行分株繁殖,分株繁殖法栽培的牡丹在砂质土壤中产生的根有3类情况,一类为深根型,主根明显,根数少,深达60~90厘米;第二类为浅根型,无明显主根,根多而稠密;第三类为中间型,根条粗细均匀,光滑,可以药用,如赵粉。
根在年周期中最早开始活动,如在黄河下游每年2月中、下旬当地下5厘米深土温达4~5℃时,根即开始活动,6~7月份根生长最慢,8月份以后根又开始旺盛生长。
(2)芽的发育:牡丹芽为鳞芽,分为叶芽和花芽,通常花芽肥大,叶芽较瘦小。一般当气温上升并稳定在3.6℃以上时,芽开始膨大,露叶及显蕾,6℃以上开始放叶。芽的开放除受当年气温及其他因素影响而略有不同外,不同品种之间也有明显差别。每年芽萌发后,鳞片脱落,在枝条上留下环状痕迹,可以据此鉴定牡丹植株的年龄。
(3)叶的出现:牡丹的顶芽通常为花芽,花芽萌发后抽出花枝,顶端开花,枝上长叶,花枝即牡丹的绿色茎枝,在冬季以前有枯梢缩枝现象,俗称“长一尺缩八寸”,是由于它们长期适应冷凉气候的表现,因为当年生枝上部叶腋内无芽点,因而不能木质化。花开过之后,在叶腋处又分化出新的花芽,为下年开花作准备。随着枝条的伸长,叶子开始产生,幼叶为紫红绿色,卷缩,多绒毛,春分(3月21日)前叶全部展开,颜色变为绿色,绒毛脱落,霜降左右叶片开始枯萎。
(4)花的发育:牡丹的花芽是一个混合芽,由腋芽原始体开始分化,叶原基最早出现,然后苞片原基、花萼原基、花瓣原基、雄蕊原基、雌蕊原基陆续出现,其中苞片原基出现是牡丹花芽发育的关键,如果此时营养条件良好,成花激素充足,则可继续发育形成花芽;若此时营养不良,则只停留在叶原基阶段而不开花,牡丹的花芽当年即能形成,但当年不能开花,必须经过冬季的低温解除休眠,来年春季才能开花。