符合税法规定的农业合作社开具的免税普通发票可以抵扣进项税额。
根据现行政策的规定，增值税一般纳税人向农业生产者个人收购农业产品，可凭自行开具的有抵扣联的收购发票上注明的价款和13%的扣除率计算抵扣进项税额;向农业生产者企业、单位或小规模纳税人购买的农业产品可凭其开具的普通销售发票上注明的价款按13%的扣除率计算抵扣进项税额。一般纳税人收购或购进农业产品凭收购发票或普通发票抵扣进项税额，应按照先付款后抵扣规定执行。(国税发[1994]122号 财税[2002]12号)
http://www.cnnsr.com.cn/jtym/swk/20140112/2014011218341889693.shtml
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