有机溶剂法沉淀蛋白质通常要在较低温度下进行，目的是尽量保持蛋白质的活性。有机溶剂沉淀蛋白质分辨力比盐析法好，溶剂易除去，缺点是易使酶和具有活性的蛋白质变性。为了尽量保持蛋白质的活性，故操作时要求条件比盐析严格。使用的有机溶剂多为乙醇和丙酮，用来破坏蛋白质的水化膜，形成沉淀，它常用于蛋白质或酶的提纯。高浓度有机溶剂易引起蛋白质变性失活，操作必须在低温下进行使用有机溶剂沉淀。
