A、元素是具有相同核电荷数（质子数）一类原子的总称，所以核内质子数决定了元素的种类，说法正确；
B、元素的化学性质与原子最外层电子数目关系密切，一般的，最外层电子数多于四个易得电子，显示非金属性；少于四个易失电子，显示金属性，最外层电子数为8（K层为2个）不易得也不易失，显示化学惰性．所以最外层电子数决定元素化学性质．说法正确；
C、原子是化学反应是最小的微粒，在结构上可以再分成原子核和核外电子．故说法错误；
D、构成物质的微粒有分子、原子和离子．说法正确．
故选C
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