A、噬菌体是病毒，没有细胞结构，A错误；B、细胞核是细胞的控制中心，但一定位于细胞的正中央，B错误；C、内质网能合成脂质、糖类等，是细胞内有机物合成的“车间”，C正确；D、进行有氧呼吸的细胞不一定都有线粒体，比如原核细胞．能进行光合作用的细胞不一定都有叶绿体，蓝藻能进行光合作用，但无叶绿体，D错误．故选：C．
