碱性蛋白酶的主要来源为微生物提取，研究和应用较多的主要是芽孢杆菌，以枯草杆菌为最，也有少量其他菌种，比如链霉菌。天然菌种的生产能力和所含的酶活性、稳定性往往达不到工业生产的需求，需要对菌种进行筛选改进，常用的方法有诱变、基因工程、蛋白质工程、孢子热处理等。主要目标是提高酶的活性、稳定性（耐温耐碱）、抗氧化、抗螯合性能。
