水分子就是单个分子，水就是由水分子构成的。水分子中氢氧是由共价键构成的，共价键与离子键和原子键不同，是另外的键的形式
你对化学键的认识还不够。水分子中氧原子分别与两个氢原子形成共价键，共享了外层电子以达到稳定。具体情况，如有兴趣请参阅相关资料。对于你的问题，如果一定要回答，那就是是由原子构成。
一个水分子由两个h原子和一个氧原子构成虽然水能电离成氢氧根离子和氢离子，但是量非常小，可以忽略不计
