土地侵权案件应该由国土资源部门处理。主要依据如下：
根据《土地管理法》第六十六条 县级以上人民政府土地行政主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。土地管理监督检查人员应当熟悉土地管理法律、法规，忠于职守、秉公执法。 县级以上人民政府土地行政主管部门履行监督检查职责时，要求被检查的单位或者个人提供有关土地权利的文件和资料，进行查阅或者予以复制。要求被检查的单位或者个人就有关土地权利的问题作出说明。进入被检查单位或者个人非法占用的土地现场进行勘测。责令非法占用土地的单位或者个人停止违反土地管理法律、法规的行为。
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