正常情况下是没有关系了。
1、首先你们有土地证和房产证，证明你们有法定的土地使用权和房屋所有权，权属无争议。
2、关于以前签订的协议问题，如果只是说明有5平方的面积是他们家的且出借给你家使用，这份协议仍不影响你们家对土地和房屋的权属。
3、如果协议中涉及经济补偿问题，要看是否过了时效，即使在时效内至多也只是按协议中有关经济补偿的约定执行。
4、因权属无争议，所以不会影响到拆迁补偿，即使他们家拿出以前的协议也没有关系。
只要两证是自己的就没有问题，协议的有效性说实话这么长时间有待认定。
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