A、暗黑的斑点是发生在红矮星（恒星）上的黑子，故不符合题意；B、红矮星（恒星）会吹散行星的大气层，不一定扰乱地球大气层，造成无线通信中断，故不符合题意；C、耀斑是红矮星（恒星）上出现的局部区域突然增亮的现象，故正确；D、红矮星（恒星）会吹散行星的大气层，不一定在造成地球上气候的异常，故不符合题意．故选：C．
