在交通事故赔偿案件中，在法院强制执行时，法院可以查封肇事车主的车辆。
《民事诉讼法》
第二百四十二条 被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。
人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
可能会，如果车主有存款等可以执行的财产，可以存款直接执行，就无需查封车辆。
如果没有找到车主的其他财产，可以查封车辆、房屋等，作价后用于赔偿申请人。
如果法院判决车主承担责任，而车主不主动履行法院判决的，那么法院强制执行可以查封车主的车辆。
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