A、种群基因频率的改变是生物进化的实质，生殖隔离的产生意味着新物种的形成，A错误；B、基因突变产生等位基因，可以导致种群基因频率的改变，B正确；C、自然选择的作用是使种群的基因频率发生定向改变进而使生物朝着一定的方向进化，C正确；D、种群的基因频率是指在种群基因库中，某基因占所有等位基因的比例，等位基因的基因频率之和为1，D正确．故选：A．
