微生物产生的酶已经制成多种产品，广泛用于人们的生活和生产中。例如用于制造葡萄糖的糖化酶，加在洗衣粉中的蛋白酶和脂肪酶，目前市场上开始崭露头角的双歧杆菌增殖因子或其他低热值的甜味剂，就是用酶分解淀粉或其他糖类原料生产的。由于微生物容易培养，能够在短时间内获得大量细胞，所以人们一直把微生物作为酶的主要来源，尤其是现在可以用基因工程的方法把其他生物中的酶转移到微生物中，这就更提高了微生物在酶的应用上的价值。
