秦孝公死后，太子惠文王立。惠文王的老师公子虔为了报仇，告商鞅谋反，惠文王派官吏前去逮捕商鞅。商鞅自知难逃罪名，就想逃到魏国。魏国因为以前被商鞅打败过，所以拒绝商鞅入境，商鞅没有办法，就跑到自己的封邑去组织力量抵抗，失败后被五马分尸。
商鞅和当时的太子即后来的秦惠文王有很深的矛盾，所以被杀是必然的。秦孝公期间，商鞅因执法较严引起秦贵族的怨恨。新法令刚刚开始推行，就遭到了旧贵族的强烈的反对。太子的老师公子虔和公孙贾等鼓动太子反对变法，商鞅就处罚了公子虔和公孙贾，一个割掉了鼻子，一个在脸上刺了字，所以太子对商鞅非常仇恨。孝公卒后，太子惠文王立。公子虔之徒为报夙怨，告商鞅有谋反企图，秦文惠王即派人前去逮捕。商鞅失败后，被罕见的酷刑五马分尸而死，可见惠文王及其它贵族对他的愤恨。
不过商鞅虽然被处死，但是新法保留，秦国最终走上强大的道路。
商鞅最后的结局和他的个人性格有很深的关系。司马迁也认为商鞅太过于严苛，性格狭隘，得罪了很多贵族，因而爱惜商鞅才能的秦孝公一死，悲剧就马上发生了。
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