军事系统改变了从文明1开始的僵化的每个时代攻防骑各一种部队对峙的单调局面，出现了大量丰富的有专注性的互相克制的部队，使得攻防更有谋略性；军事单位的升级极大增加了玩家主观能动性的作用，同时也是一种赌博（整体升级方向错了会死得很惨）；兵种特性一大堆使得战斗乐趣大大增加；
增加宗教体系，不仅使内政建设丰富了许多（大量宗教建筑），而且使得外交方面多了一个要考虑的重要因素，这很符合实际；
内政体系很好的改变了前作一直存在的早期建筑比后期建筑还重要的不合理状况（文明3里面市场+50%钱，银行还是+50%钱，显然市场比银行那个50%更重要；而文明4里面市场+25%，银行+50%）；
削弱大奇迹，让玩家不再可能通过诡异手段拿到大奇迹后就一下子领先，而是把注意力更多放到其他方面，这点在pk的时候很重要。
其他的细节还有很多，玩多了以后才感觉文明4比文明3强太多了
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