集美大学的硕士研究生设置如下：一级学科硕士点（9个，覆盖56个硕士二级点）：水产学、生物学、食品科学与工程、交通运输工程、船舶与海洋、体育学、应用经济学、数学、中国语言文学；硕士专业学位点（4个，涵盖30个硕士专业学位领域）：农业推广硕士、工程硕士、教育硕士、税务硕士。
