参考《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)规定,一般纳税人注销时,其留抵税额也不予以退税。参考《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》(财税[2009]57号)规定,企业因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额,可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除。在实务中各地税局的执行口径不同,存在争议性,具体建议您跟主管税务机关沟通确。