福建师范大学音乐学院的历史可以追溯到1938年的华南女子文理学院。1952年福建师范学院正式创建音乐专修科。1958年福建师范学院系所调整后，一度并入艺术系。1985年1月音乐系成立，1993年12月，经福建省教委批准以美术、音乐两系为基础成立艺术学院。2003年12月在音乐系的基础上组建音乐学院。
