首先，需要确定的一点是幅值就是比方波幅值大，因为得到的是基波，根据傅立叶分解结果，基波幅值就是比方波幅值大（看一下信号方面的书）其次，你改了电阻，输出幅值变得和方波一样是其它因素造成的，从你波形上看，应该是仿真步长太大了，精度不够，减小步长看看，两个仿真结果应该是一样的。
