《儒学地域化的近代形态:三大知识群体互动的比较研究》，三联书店1997年版
《甲午百年祭：多元视野下的中日战争》（主编），知识出版社1994年版
《空间·记忆·社会转型－“新社会史”研究论文精选集》（主编），上海人民出版社2000年版。
《杨念群自选集》 广西师范大学出版社，2000年11月出版。
《中层理论—东西方思想会通下的中国史研究》，江西教育出版社2001年版。
《杨度日记》，新华出版社2000年版。
《新史学：多学科对话的图景》（主编），中国人民大学出版社2003年版。
《雪域求法记－一个汉人喇嘛的口述史》，三联书店2003年版.
《昨日之我与今日之我——当代史学的反思与阐释》，北京师范大学出版社2005年版。
《再造“病人”——中西医冲突下的空间政治（1832－1985）》，中国人民大学出版社2006年版。 巴林顿·摩尔《民主与专制的社会起源》，（与拓夫、张东东、刘鸿辉合译），华夏出版社1986年版
《西方视野里的中国形象》系列译丛（与黄兴涛联合主编），时事出版社1998年版
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