对于第一个问题，这个句子中的then 是副词，意为"那时，当时"。是一个时间状语，也可以理解为"那么"。句子结构就是: that 后面是主语从句，it 是形式主语，was 是谓语，as clear as daylight是表语。这个句子中that 是连接词。
对于第二个问题，替换为when是有有语法错误的。因为that是连接词，when也可以是连接词或者连词，重复了而且使句子不通顺。
如果将then改成when，去掉that，那么没有语法错误，但是意思改变了。因为如果换成when，理解为主语从句，那么意思其实是盗贼在她外出时闯进她家门的时间是很清楚的。如果理解为时间状语从句，那么意思是，当盗贼当她外出时闯进她家们，它是很清楚的。这里明显逻辑不通。这两种情况都曲解了文意。
对于第三个问题，then和when最大的区别是:
then是副词，when是连词。这意味着when可以连接句子，then不可以。
then 在此句中单独做时间状语，“在那时，当时”。
它只是一个副词，当然不能替换成 when，也不能像 when 那样引导时间状语从句，因为只有从属连词才能引导状语从句。
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