在未来的发展中，广州港将以建设现代化国际强港为目标，以和谐发展为主题，切实抓好深水航道和大型专业泊位建设，加快港口集疏运系统的建设和升级，继续优化港口结构，扎实推动广州港航事业全面、快速、和谐发展。
“十一五”期间，广州港计划投资200多亿元，设39个深水泊位，新增吞吐能力6924万吨和604万标箱。通过积极开发建设南沙新港区，改建善出海航道条件，建设一批大型集装箱、能源、原材料等专业化泊位，预计到2010年广州港货物吞吐量将达到4亿吨、集装箱达到1400万标箱，将成为以能源、原材料等货物中转为主，在世界上有重要影响的集装箱运输的干线港和现代化的综合性主枢纽港。
根据交通部《泛珠江三角洲区域合作公路水路交通基础设施规划纲要》，到2020年，珠江三角洲及西江航运干线内河水运基本实现现代化，形成以三级及以上航道为骨架的泛珠江三角洲航道体系，按规划标准建成西南水运出海南、中、北三线通道，相应建设闽江、澜沧江等航道，完善航道支持保障系统和港口功能；基本建成泛珠江三角洲内河集装箱运输体系、大宗散货运输体系、西部地区物资江海转运体系，水运优势得到充分发挥。
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