A、由配子直接发育而来的个体是单倍体，种子发育成的玉米幼苗属于二倍体，A错误；B、由蛙的受精卵发育成的蝌蚪，体内含有2个染色体组，属于二倍体，B错误；C、由花粉离体培育成的幼苗是单倍体，经秋水仙素处理又恢复物种染色体组数目，即形成六倍体，C错误；D、由花粉直接发育成试管苗属于单倍体，虽然含有3个染色体组，D正确．故选：D．
