1986年8月2日，吉林省人民政府〔吉政函（1986）131号文〕批准建立吉林省查干湖自然保护区，列为省级自然保护区。设立吉林省查干湖自然保护区管理局，由前郭县政府领导，吉林省环境保护局负责业务指导。2004年，吉林省人民政府批准了《吉林查干湖省级自然保护区总体规划》。 2007年4月6日，国务院（国办发[2007]20号）正式批准查干湖自然保护区为国家级自然保护区。
